Proses Belajar Mengajar di SMP Muhammadiyah 12 GKB dilaksanakan dalam 5 hari efektif sekolah yaitu mulai hari senin hingga hari jum’at. Jumlah jam belajar siswa per minggu sebanyak 49 jam PBM yang terdistribusi dalam 10 jam per harinya. Dengan beban belajar yang cukup tinggi tersebut maka pembelajaran di SMP Muhammadiyah dilaksanakan dengan enjoy and fun dengan proses belajar di luar kelas yang lebih sering.

Kegiatan efektif didalam kelas hanya berlangsung 3 hari dan 2 hari berada di luar kelas. Sehari Siswa banyak berinovasi dengan bermain-main untuk menghasilkan berbagai macam produk seperti Lie detector, Steam boat, obat nyamuk dari kulit durian dan sebagainya atau hanya sekedar berinteraksi dengan lingkungan dan masyarakat sekitar. Sedangkan di hari jum’at siswa beserta guru akan disuguhi dengan sarapan berbahasa inggris yang dikemas dalam kegiatan English breakfast dan Funday.

Adapun Muatan kurikulum dan alokasi waktu belajar siswa SMP Muhammadiyah 12 GKB adalah sebagai berikut: